Information på svenska

Översikt

The Swedish Reference Genome Portal (“Den svenska portalen för referens-genom”) är en kostnadsfri nationell datatjänst som syftar till att samla, tillgängliggöra och visualisera genom-assemblies och -annoteringar från icke-humana eukaryota arter producerade av eller i samarbete med forskare med an­knytning till institutioner i Sverige.

Denna tjänst är utvecklad och underhålls av The Data Science Node in Evolution and Biodiversity(DSN-EB-teamet) som del av SciLifeLab Data Platform som drivs av SciLifeLab Data Centre.

DSN-EB-teamet består av systemutvecklare, data stewards och bionformatiker affilierade med SciLifeLab Data Centre och National Bioinformatics Infrastructure Sweden (NBIS) vid Uppsala Universitet och Naturhistoriska Riksmuseet i Stockholm.

Swedish Reference Genome Portal syftar till att:

• framhäva och visa upp forskning om icke-humana eukaryota genom som utförts i Sverige.

• underlätta åtkomst, visualisering och tolkning av genomdata.

• främja offentlig delning av typer av genomik-data som annars sällan publiceras.

• säkerställa att all data som visas upp i genomportalen är i linje med FAIR-principerna och tillgängliga i offentliga repositorier.

Technical implementation and source code

Denna webbsida är byggd med hjälp av Hugo som är ett verktyg för att skapa statiska webbsidor. Genombrowsern JBrowse2 används för att visualisera genomik-datan och är inbäddad i den statiska webbsidan. All data i genomportalen är öppet tillgänglig via offentliga repositorier. Portalen hämtar en kopia av all data för att visa upp i genombrowsern.

Genomportalen använder sig av öppen källkod under en MIT open source-licens. Källkoden finns att tillgå på GitHub. Portalen är driftsatt på ett Kubernetes-kluster som finns vid  Kungliga Tekniska Högskolan (KTH) i Stockholm.

Riktlinjer för att citera material på genomportalen

Besök Cite us-sidan för detaljerade riktlinjer (på engelska).

Användarvilkor

Information om vad du kan förvänta dig av den här tjänsten, samt ansvarsfriskrivningar och begränsningar för denna webbplats och dess innehåll, finns på Terms of use-sidan (på engelska).

Sekretess och integritetspolicy

Information om vad, hur och varför personuppgifter och tekniska data hanteras och skyddas vid användning av denna webbplats finns på sidan Privacy policy-sidan (på engelska).

Finansiering

Denna tjänst är finansierat av SciLifeLab och Knut and Alice Wallenbergs Stiftelse genom det nationella programmet för Data-Driven Life Science (DDLS), samt av Stiftelsen för Strategisk Forskning (SSF).

Be om hjälp

För frågor, kommentarer eller problem relaterade till genomportalen, vänligen kontakta oss per e-post på [dsn-eb@scilifelab.se](mailto:dsn-eb@scilifelab.se eller använd vårt kontaktformulär (på engelska).