Översikt
The Swedish Reference Genome Portal (“Den svenska portalen för referens-genom”) är en kostnadsfri nationell datatjänst som syftar till att samla, tillgängliggöra och visualisera genom-assemblies och -annoteringar från icke-humana eukaryota arter producerade av eller i samarbete med forskare med anknytning till institutioner i Sverige.
Swedish Reference Genome Portal syftar till att:
framhäva och visa upp forskning om icke-humana eukaryota genom som utförts i Sverige.
underlätta åtkomst, visualisering och tolkning av genomdata.
främja offentlig delning av typer av genomik-data som annars sällan publiceras.
säkerställa att all data som visas upp i portalen är i linje med FAIR-principerna och tillgängliga i offentliga repositorier.
Technical implementation and source code
Denna webbsida är byggd med hjälp av Hugo som är ett verktyg för att skapa statiska webbsidor. Genombrowsern JBrowse2 används för att visualisera genomik-datan och är inbäddad i den statiska webbsidan. All data i portalen är öppet tillgänglig via offentliga repositorier. Portalen hämtar en kopia av all data för att visa upp i genombrowsern.
Portalen använder sig av öppen källkod under en MIT open source-licens. Källkoden finns att tillgå på GitHub. Portalen är driftsatt på ett Kubernetes-kluster som finns vid Kungliga Tekniska Högskolan (KTH) i Stockholm.
Riktlinjer för att citera material på portalen
Besök Cite us-sidan för detaljerade riktlinjer (på engelska).
Användarvilkor
Information om vad du kan förvänta dig av den här tjänsten, samt ansvarsfriskrivningar och begränsningar för denna webbplats och dess innehåll, finns på Terms of use-sidan (på engelska).
Sekretess och integritetspolicy
Information om vad, hur och varför personuppgifter och tekniska data hanteras och skyddas vid användning av denna webbplats finns på sidan Privacy policy-sidan (på engelska).
Finansiering
Denna tjänst är finansierat av SciLifeLab och Knut and Alice Wallenbergs Stiftelse genom det nationella programmet för Data-Driven Life Science (DDLS), samt av Stiftelsen för Strategisk Forskning (SSF).
Be om hjälp
För frågor, kommentarer eller problem relaterade till portalen, vänligen kontakta oss per e-post på srgp@scilifelab.se.